本府為配合六家高鐵車站特定區的開發建設，整合地區高科技產業的升級與轉型，吸引高科技人才進駐，並銜接區域產業的網路脈絡，建置完整的北部區域產業架構。提出新訂都市計畫落實推動「臺灣知識經濟旗艦園區」構想。
「臺灣知識經濟旗艦園區」係以新竹區域優勢之再提升為目標，緊密整合高鐵38公頃產業專區之「生物醫學園區」。以「新竹生物醫學園區」為先導計畫，加上地方政府推動之「IC/SOC研發設計園區」，結合交大推動中之「科學園區化大學城」，共同促進高科技產業環境條件之實質提昇，做為臺灣知識經濟產業發展的發動引擎。
辦理目的如下：
1.具有高度國際競爭力的創新學習區域
2.以自然生態、客家文化為基底的永續發展
3.根留家園提升生活品質的新契機
4.提供交通便捷、環境優美、生活豐富的多元優質社區
5.以成為亞太科技首都的新門戶為目標
規劃範圍
臺灣知識經濟旗艦園區，計畫範圍涵蓋竹北、芎林二個行政區，位於高鐵新竹車站特定區北側及東側，西北以竹北(斗崙地區)都市計畫區為界，西南部份以高鐵新竹車站特定區為界，南側以頭前溪堤防為界，北側儘可能以現有水圳為界，面積446公頃(含8公頃維修機場用地)，包含82公頃的產業專區，40公頃園區化大學、316公頃優質生活區，結合西側38公頃的高鐵產業專區，建構成484公頃機能完整之產業園區，做為新興高科技及知識產業發展的主要腹地。
計畫內容
「臺灣知識經濟旗艦園區」計畫範圍內土地規劃為生活園區、高科技產業專區及交大竹北校區（含園區或分部）設校之用，
規劃原則如下：
1.促進高科技產業成長
2.配合新竹縣區域之整體發展
3.建構沒有圍牆的校園
4.資源充分與社區共享
案件進展
臺知園區歷經將近十年的努力，終於在民國93年4月8日獲內政部核定為國家重大建設計畫，並於96年12月27日獲內政部區委會審查原則通過，同時於97年12月29日至98年1月27日都市計畫書圖公開展覽，98年6月11日環評審查有條件通過。且於98年12月8日都市計畫委員會第720次會議，審查後終同意通過「臺灣知識經濟旗艦園區」開發案。
縣政府於99年1月25日召開「新訂臺灣知識經濟旗艦園區特定區計畫案」-99年度民眾意見座談會，會中縣長邱鏡淳開宗明義表示，「臺知園區」既已經中央審議通過，縣府會全力配合推動，並呼籲大家應將意見整合、團結，地方才有希望。「臺知案」可與未來高鐵特定區內的「國際世貿會館」相連貫，同時縣府也將建議中央，將客家電視台搬回新竹縣，共同配合成立「多媒體創意設計園區」。
「臺知園區」促進會理事長曾金榮表示，對於臺知案，有91﹪的業主贊同，所以只要縣府在推動上有任何困難，業主都願意協助。但促進會也同時要求縣政府要加快開發時程，同時在不違背法令下，放寬農作物補償。關於將來配地抽籤問題，曾理事長代表業主表示，水利用地應排除在外；而公共設施道路、共同管溝應優先施作，使之成為全省的模範區。同時產業專區與交大設校應先行撥地使用，如此才有引導作用，企業也才會跟著進駐繁榮地方。
邱縣長針對曾理事長的建議回應表示，未來臺知園區將規劃成為全國示範區，所以共同管溝問題也會一併有效處理，例如氣、液體就要做區隔，以免造成不必要的困擾。另外對於農作物查估問題，地政處長鄭福生表示，縣政府會站在法、理、情的立場從寬認定。
99年6月臺灣知識經濟旗艦園區計畫說明會亦於26日下午在縣府大禮堂舉辦，支持與反對者均到場參加，共有20多位民眾上台表達己見，反對者訴求交大免費取得的校地過大，會不會淪為第二個拖延10年不建校的台大而擔心。主辦單位縣府工務處希望藉由雙方互換意見，作為計畫之參考，讓未來施政更貼近民意。臺灣知識經濟旗艦園區計畫涵蓋竹北、芎林兩地，位於高鐵六家站特定區北側及東側，西以竹北都市計畫區為界，南隔東興路（120線）與高鐵六家站特定區相鄰，面積約447公頃。
臺灣知識旗艦園區特定區計畫(447公頃)，包含：交大竹北園區面積33公頃(含公設40公頃)國際示範村面積17公頃(含公設20公頃)產業園區面積61公頃(含公設82公頃)，雖經第720次會議審定，原則同意在案，惟依委員會決議，本案計畫內容因超出公開展覽範圍，應再另案辦理公開展覽及說明會，已依規辦理再公開展覽，主要計畫經內政部都委會100年8月22日第4次專案小組、100年10月21日第5次專案小組審議。依據第5次專案小組紀錄，為落實土地徵收符合公益性、必要性，應於內政部都市計畫委員會審議前，就公益性及必要性先行向內政部土地徵收審議委員會報告，本府已於101年3月6日提送評估報告至地政司、3月7日函詢農委會意見；地政司及農委會已函請本府補充相關資料，刻正依決議事項辦理中。地政司已於102年4月24日審議，後續將再依審議意見補充書面資料，依據審議之會議紀錄本案需補充開發內容之公益性及必要性說明，並於102年8月21日修正完竣報請內政部地政司備查，本報告102年9月10日內政部地政司再提出審查意見，本府於102年11月8日初修正完竣函復內政部，102年12月2日內政部准予備查。
大事紀一覽表
1. 93年4月8日臺知園區獲內政部核定為國家重大建設計畫。
2. 96年12月27日獲內政部區委會審查原則通過。
3. 97年12月29日～年1月27日都市計畫書圖公開展覽。
4. 98年5月4日獲新竹縣都市計畫委員會審議通過。
5. 98年6月11日環評審查有條件通過。
6. 98年12月8日都市計畫委員會第720次會議，審查後同意通過「臺灣知識經濟旗艦園區」開發案。
7. 99年1月25日縣政府召開「新訂臺灣知識經濟旗艦園區特定區計畫案」-99年度民眾意見座談會。
8. 99年1月26日「新訂臺灣知識經濟旗艦園區特定區計畫案」繼續召開第2次民眾意見座談會，聽取「反對開發」民眾的意見並協調溝通。
9. 99年5月19日縣議員林保光、議員盧東文以及竹北百餘位鄉親，到縣議會縣促請縣政府加速「臺灣知識經濟旗艦園區」期程。
10. 99年6月26日臺灣知識經濟旗艦園區計畫說明會下午在縣府大禮堂舉辦，支持與反對者均到場參加，藉由雙方互換意見，作為計畫之參考。
11. 99年10月進行第1次全區地主意向調查。
12. 100年7月14日「臺灣知識經濟旗艦園區」5百多位支持者，在縣政府前廣場集合，前往行政院向院長吳敦義陳情，表達支持「臺知園區」立場。
13. 101年2月進行第2次全區地主意向調查，近９成地主表達贊成開發意願。
14. 101年10月5日趙榮耀與程仁宏監委蒞臨縣府巡察年度會議，針對「臺灣知識經濟旗艦園區」特定區計畫一案，縣府敬請委員協助加速都市計畫法定程序。
15. 101年6月28日徐欣瑩委員協助邀集農委會及本府於立法院召開協調會，農委會表示，如本案屬農地變更之新案，需提請農委會所設審議委員會針對本案之農地變更審議，若本案屬舊案，請內政部逕依職權及本案歷次相關會議決議辦理。
16. 101年7月17日璞玉計畫促進會邀集交通大學、本府地政處及國際產業發展處研商後續程序問題，考量須先釐清本案係屬新案或舊案，以及是否再依內政部101年3月21日函示，報請行政院認定為國家重大建設計畫；徐欣瑩委員已於101.9.7協助召開跨部會協調會議，邀集內政部、營建署及農委會共同出席釐清本案程序問題。
17. 101年10月29日縣長拜會營建署長，建請中央加速審議程序。
18. 有關相關行政程序認定問題，本府已於101.10.25函請農委會釋示，農委會已於101年11月7日、101年12月19日函復本府。
19. 內政部及農委會於3月函復本府依法函送之公益性及必要性報告並請本府辦理補正乙節，101年12月11日已發文(檢附農委會101年11月7日來文)函報公益性及必要性評估報告予內政部地政司，地政司於101年12月17日函請本府修正報告書，已依地政司101年12月17日函文及農委會101年12月19日函文修正公益性及必要性評估報告書，並於102年1月31日函送修正後報告書予內政部審議。
20. 本府地政處於102年3月初拜會內政部地政司，並已依內政部102年3月初審意見，將修正公益性及必要性報告書所需文件(開發後地價稅預估收入及相關安置計畫)，函送國際產業發展處，地政司已於102年4月24日進行公益性報告審查會議，目前正依據審議之會議紀錄補充開發內容之公益性及必要性說明，另重大建設計畫需重新依程序報核。
21. 本府國際產業發展處已於102年6月7日召集府內相關局處及交通大學璞玉計畫暨新校區推動小組召開「研商本案之公益性及必要性評估報告相關修正作業協調會議」，該會議決議：請府內相關局處研擬補正意見並於102年6月28日前送國際產業發展處彙整。
22. 公益性及必要性評估報告已修正完竣，並於102年8月21日報請內政部地政司核備，本報告102年9月10日內政部地政司再提出審查意見，目前正進行修正補正作業，本府於102年11月8日初修正完竣函復內政部，102年12月2日內政部准予備查。
23. 在重大建設計畫需重新依程序報核部份，目前則依決議內容於102年5月23日拜會經濟建設委員會，102年6月13日拜會經濟部工業局，102年6月21日拜會行政院秘書長及經濟部工業局，102年7月29日拜會行政院林政務委員政則、經濟部工業局及經濟建設委員會，102年9月18日拜會內政部次長，研議中央目的事業主管機關及重新報院核定之事宜，並透過徐立委欣瑩、地方首長會議及黨政平台等表達地方決心，積極加速本案之推動，行政院於102年12月13日召開本案協商會議，會中決議由經濟部為本計畫中央目的事業主管機關，期共同完成本項計畫。
24. 本案重大建設計畫經中央目的事業主管機關（經濟部）報行政院核定事宜，103年1月份縣府團隊2次拜會工業局，並提供重大建設補充說明報告初稿供作業單位預審，俟提供具體建議後將正式發文檢送。
25. 都市計畫審議部分，則依前次都委會專案小組（第5次）決議事項辦理，目前責請本府地政處補充未表態之土地所有權人意願調查（1月底寄出，2月底回收），俟回收整合後將納入決議事項說明。
26. 103年1月及2月和地方民眾溝通討論本計畫安置措施適宜，期達成照顧民眾最佳權益之共識。
27. 本計畫「重大建設計畫補充說明報告」已依行政院102年12月13日協商會議決議，於103年3月31日報目的事業主管機關經濟部循序辦理，後續將配合中央指示辦理審查或核定事宜
28. 本計畫都市計畫已依內政部都市計畫委員會第5次專案小組會議決議事項辦理，於103年3月31日報內政部營建署辦理後續審議事宜。
29. 國家重大建設計畫補充說明報告書及都市計畫文件於103年3月31日分別檢送經濟部及營建署。
30. 營建署於103年4月9日來函要求補正。
31. 經濟部於103年4月16日將報告書函轉中央權責部會審查。